Manfaat Chempup

ChemPup adalah sebuah applet dari beberapa software kimia yang bisa digunakan secara gratis. Untuk menggunakannya kita tidak perlu menginstall Linux itu ke komputer kita, cukup run cd live saja dengan memasukkan CD Chempup itu dengan menyeting booting pertama dari CD drive atau Usb drive dari bios komputer kita.

    Software-software kimia yang terbundel dalam chempup itu sesungguhnya bisa saja kita tambahkan ke dalam sistem operasi linux lainnya, dan beberapa juga bisa dipasang (di-install) pada sistem operasi windows. Artinya saya tidak melihat kelebihan yang luar biasa pada Chempup itu. Apalagi kalau kita (di Indonesia)  belum terbiasa dengan linux karena microsoft minded, maka Chempup bukan hal yang user friendly. Tapi itu hanya sekedar pembiasaan saja. Untuk digunakan dalam pembelajaran di kelas Chempup masih kalah mudah dibandingkan kita menggunakan software kimia yang terinstall pada OS yang kebanyakan orang pakai.

   Dari segi jumlah software yang tersedia jumlahnya juga belum begitu banyak. Bahkan ada aplikasi yang belum siap gunakan dalam edisi kali ini, tapi sudah terpampang ada seperti BK Chem. Menurut penilaian saya Chempup ini sangat cocok jika kelak di Indonesia dilakukan pengetatan penggunaan OS yang harus berlicensi mahal. Itu akan memaksa orang untuk mau menggunakan Chempup sebagai alternatif untuk penggunaan aplikasi kimia yang gratis. Ingat itu adalah alternatif, sebab aplikasi yang dibendal dalam Chempup bisa kita pasang pada OS linux lainnya.

Beberapa software yang terbundel tersebut antara lain:

• GElement – Tabel periodik dengan banyak informasi pada setiap unsur yang disajikan
• ChemCalc – link utility web berbasis java utility yang dapat digunakan untuk kepentingan perhitungan berat formula (Mr), analisis CHN, dan distribusi isotop.
• Nomen – sebuah program untuk membuat struktur 2D dari nama zat kimia kita berikan
• JChemPaint ­ Pembuat struktur kimia 2D yang berbasis java
• BKChem – editor struktur zat kimia 2D yang diperluas (baru akan tersedia!)
• JMol – Penampil (viewer) molekul secara 3D. Applet ini pernah sedikit saya bahas disini.
• Avogadro – Pembuat melekular 3D yang powerfull, dengan optimasi medan-gaya dan simulasi dinamika molekular
• ChemTool – Sebuah file spreadsheet yang dibuat secara khusus untuk kalkulator pengkonversi mol dan massa zat
• Gnotebook – Sebuah file spreadsheet yang dapat digunakan untuk aktivitas laboratorium.

Apapun kelebihan dan kekurangan kita sebagai pengguna tentu senang karena semakin banyak alternatif untuk kita manfaatkan pada proses pembelajaran kimia di kelas atau aktivitas yang mendukung pembelajaran itu sendiri. Berikut adalah beberapa screeashoot yang saya ambil ketika menggunakan chempup

Sumber : http://urip.wordpress.com/2011/06/08/chempup-applet-kimia-pada-puppy-linux/

Manfaat Kimia Komputasi untuk Penelitian

1.  Untuk menemukan titik awal untuk sintesis dalam laboratorium
2.  Untuk menjelajahi mekanisme reaksi dan menjelaskan penamatan pada reaksi di laboratorium
3.  Untuk memahami sifat dan perubahan pada sistem makroskopis melalui simulasi yang berlandaskan hukum-hukum interaksi yang ada dalam sistem

Jika menggunakan kimia komputasi untuk menjawab suatu permasalahan kimia, hal yang tak terhindarkan adalah mempelajari bagaimana menggunakan perangkat lunak. Masalah yang tersembunyi dari aktivitas ini adalah kita memerlukan pengetahuan tentang seberapa baik jawaban yang akan kita dapat. Beberapa daftar pertanyaan yang dapat dibuat antara lain :

1. Seberapa akurat akan dapat kita prediksi hasilnya ?
2. Seberapa lama kita harapkan perhitungan akan selesai ?
3. Pendekatan apa yang harus dibuat ?
4. Apakah pendekatan yang digunakan dalam perhitungan sudah signifikan dengan masalah yang dikaji ?

"Jika kita tidak dapat menjawab pertanyaan tersebut, kita tidak akan mendapatkan proyek penelitian."

"Jika kita dapat jawaban akhir dari semua pertanyaan di atas, kita sekarang siap untuk melakukan perhitungan" 

 Sekarang kita harus menentukan perangkat lunak yang ada, berapa harganya dan bagaimana cara menggunakannya. Perlu dicatat bahwa, dua program yang sejenis mungkin akan menghitung sifat yang berbeda, sehingga kita harus meyakinkan diri mengenai program apa yang diperlukan.

sumber : http://www.scribd.com/doc/73340630/Manfaat-Kimia-Komputasi-Dalam-Penelitian , Dr. Harno Dwi Pranowo, M.Si (Pendekatan Komputasi dalam Pembelajaran Kimia)

Manfaat Kimia Komputasi untuk Pembelajaran

1. Dapat menghitung sifat molekul yang kompleks dan hasil perhitungannya berkorelasi secara signifikan dengan eksperimen.

2. Dapat sebagai alat hitung –seperti halnya kalkulator- untuk membantu penyelesaian secara numerik dari persamaan matematika yang menggambarkan sifat sistem, misalnya dalam penyelesaian perhitungan stokiometri, termasuk juga otomatisasi alat ukur yang dapat mengkonversi signal elektronik menjadi data numerik.

3. Dapat sebagai alat visualisasi dan animasi

4. Membantu kita mengeksplorasi sifat senyawa dan pada umumnya program tersebut telah dilengkapi dengan visualisasi dan animasi, seperti program HyperChem, Gaussian, Turbomol, Rasmol dll.

5. Menghitung sifat-sifat molekul dan perubahannya maupun melakukan simulasi terhadap sistem-sistem besar (makromolekul seperti protein atau sistem banyak molekul seperti gas, cairan, padatan, dan Kristal cair), dan menerapkan program tersebut pada sistem kimia nyata.


6. Simulasi terhadap makromolekul (seperti protein dan asam nukleat) dan sistem besar bisa mencakup kajian konformasi molekul dan perubahannya (mis. Proses denatrasi protein), perubahan fasa, serta peramalan sifat-sifat makroskopik (seperti kalor jenis) berdasarkan perilaku di tingkat atom.



Sumber : Pendekatan Komputasi Dalam Pembelajaran Kimia, Dr. Harno Dwi Pranowo, M.Si, dan http://www.scribd.com/doc/73340630/Manfaat-Kimia-Komputasi-Dalam-Penelitian

ChemPup

• 
  

ChemPup-101

What IS ChemPup?
ChemPup is a unique software system built from Puppy Linux with numerous useful chemistry programs. Currently ChemPup-1.0.1 and ChemPup-1.0.1-lite are available.


Features:
Office Productivity:
OpenOffice.org-3.0 - full office productivity suite compatible with MS Office
JabRef - reference manager that syncs with OOO3
Firefox - web browser

Chemistry Programs:
GElemental - periodic table packed with information on each element
Nomen - simple nomenclature tool
JChemPaint - 2D chemical structure editor
JMol - 3D chemical structure viewer and force-field minimizer
Avogadro - 3D chemical structure builder with built in force-fields and molecular dynamics simulations
OpenBabel - chemical file-type converter
SciFinder Scholar - online scientific journal database (must have site.prf file added from school administrator)
ChemTool and GNotebook - spreadsheet templates with useful chemical equations, conversions, etc.


How Do I Get Started?
Click HERE for the ChemPup Quick-Start Guide.
Click HERE for FREE ChemPup ISOs (requires registration).
Click HERE for ChemPup CDs or visit the ChemToolBox.com online store.
Why ChemPup?

ChemPup is built from Puppy Linux 4.2.1 which is a very small, flexible, portable
and complete operating system. How is it so different and useful?

1. ChemPup loads its entire system into RAM memory.
Although this process takes slightly longer to boot (depending on hardware configurations) it ultimately runs very fast on even low-spec (old) computers.

2. You don't ever have to install ChemPup on any computer.
That's right! No Installation Required. Simply boot from the ChemPup CD or USB flashdrive.
See the ChemPup Quick-Start Guide for more information.

3. You may install ChemPup to a hard-drive partition (advanced).
This can be done in two ways, "full" or "frugal" installation options. A "frugal" install is recommended as it may be installed on a NTFS formatted hard-drive along side MS Windows. This does require some additional working knowledge and the user is STRONGLY ENCOURAGED to consult the www.puppylinux.org documentation before considering this option. The only significant advantage is that the CD or DVD is no longer needed at boot-up if ChemPup has been installed.


How Can I Support Open-Source Software?
Donations may be made via PayPal and will help support continued development all the way down the line.  See Chip-In! to learn how the proceeds flow.  CDs, DVDs, USBs, and geeky Tees are available and further support the linux community.

Screen Shots:

GElement - Complete Periodic Table


JChemPaint - 2D Structure Editing



JMol - 3D Structure Viewing and Minimizing


Avogadro - 3D Chemical Builder and Minimizer with many Templates


OpenOffice3.0 - Office Productivity Suite (compatible with MS Office)


Extras (standard with Puppy Linux 4.2.1)

sumber : http://www.chemtoolbox.com/index.php/about-chemtoolboxcom.html

KIMIA KOMPUTASI

Pendahuluan

Istilah kimia teori dapat didefinisikan sebagai deskripsi matematika untuk kimia, sedangkan kimia komputasi biasanya digunakan ketika metode matematika dikembangkan dengan cukup baik untuk dapat digunakan dalam program komputer. Perlu dicatat bahwa kata "tepat" atau "sempurna" tidak muncul di sini, karena sedikit sekali aspek kimia yang dapat dihitung secara tepat. Hampir semua aspek kimia dapat digambarkan dalam skema komputasi kualitatif atau kuantitatif hampiran.

Molekul terdiri atas inti dan elektron, sehingga diperlukan metode mekanika kuantum. Kimiawan komputasi sering berusaha memecahkan persamaan Schrödinger non-relativistik, dengan penambahan koreksi relativistik, walaupun beberapa perkembangan telah dilakukan untuk memecahkan persamaan Schrödinger yang sepenuhnya relativistik. Pada prinsipnya persamaan Schrödinger mungkin diselesaikan, baik dalam bentuk bergantung-waktu atau tak-bergantung-waktu, disesuaikan dengan masalah yang dikaji, tetapi pada praktiknya tidak mungkin kecuali untuk sistem yang amat kecil. Karena itu, sejumlah besar metode hampiran dikembangkan untuk mencapai kompromi terbaik antara ketepatan perhitungan dan biaya komputasi.

Dalam kimia teori, kimiawan dan fisikawan secara bersama mengembangkan algoritma dan program komputer untuk memungkinkan peramalan sifat-sifat atom dan molekul, dan/atau lintasan reaksi untuk reaksi kimia, serta simulasi sistem makroskopis. Kimiawan komputasi kebanyakan “sekedar” menggunakan program komputer dan metodologi yang ada dan menerapkannya untuk permasalahan kimia tertentu. Di antara sebagian besar waktu yang digunakan untuk hal tersebut, kimiawan komputasi juga dapat terlibat dalam pengembangan algoritma baru, maupun pemilihan teori kimia yang sesuai, agar diperoleh proses komputasi yang paling efisien dan akurat.

Terdapat beberapa pendekatan yang dapat dilakukan:

1. Kajian komputasi dapat dilakukan untuk menemukan titik awal untuk sintesis dalam laboratorium.
2. Kajian komputasi dapat digunakan untuk menjelajahi mekanisme reaksi dan menjelaskan pengamatan pada reaksi di laboratorium.
3. Kajian komputasi dapat digunakan untuk memahami sifat dan perubahan pada sistem makroskopis melalui simulasi yang berlandaskan hukum-hukum interaksi yang ada dalam sistem.

Terdapat beberapa bidang utama dalam topik ini, antara lain:

• Penyajian komputasi atom dan molekul
• Pendekatan dalam penyimpanan dan pencarian spesi kimia (Basisdata kimia)
• Pendekatan dalam penentuan pola dan hubungan antara struktur kimia dan sifat-sifatnya (QSPR, QSAR).
• Elusidasi struktur secara teoretis berdasarkan pada simulasi gaya-gaya
• Pendekatan komputasi untuk membantu sintesis senyawa yang efisien
• Pendekatan komputasi untuk merancang molekul yang berinteraksi lewat cara-cara yang khusus, khususnya dalam perancangan obat.
• Simulasi proses transisi fasa
• Simulasi sifat-sifat bahan seperti polimer, logam, dan kristal (termasuk kristal cair).

Program yang digunakan dalam kimia komputasi didasarkan pada berbagai metode kimia-kuantum yang memecahkan persamaan Schrödinger untuk molekul, maupun pendekatan fisika klasik (mekanika molekul) untuk simulasi sistem yang besar. Metode kimia-kuantum yang tidak mencakup parameter empiris dan semi-empiris dalam persamaannya disebut metode ab-initio. Jenis-jenis metode ab-initio yang populer adalah:Hartree-Fock, teori gangguan Møller-Plesset, interaksi konfigurasi, coupled cluster,matriks kerapatan tereduksi, dan teori fungsi kerapatan.

Kimia Komputasi

Kimia komputasi adalah cabang kimia yang menggunakan hasil kimia teori yang diterjemahkan ke dalam program komputer untuk menghitung sifat-sifat molekul dan perubahannya maupun melakukan simulasi terhadap sistem-sistem besar (makromolekul seperti protein atau sistem banyak molekul seperti gas, cairan, padatan, dan kristal cair), dan menerapkan program tersebut pada sistem kimia nyata. Contoh sifat-sifat molekul yang dihitung antara lain struktur (yaitu letak atom-atom penyusunnya), energi dan selisih energi, muatan, momen dipol, kereaktifan, frekuensi getaran dan besaran spektroskopi lainnya. Simulasi terhadap makromolekul (seperti protein dan asam nukleat) dan sistem besar bisa mencakup kajian konformasi molekul dan perubahannya (mis. proses denaturasi protein), perubahan fasa, serta peramalan sifat-sifat makroskopik (seperti kalor jenis) berdasarkan perilaku di tingkat atom dan molekul. Istilahkimia komputasi kadang-kadang digunakan juga untuk bidang-bidang tumpang-tindah antara ilmu komputer dan kimia.

KOMPUTASI MOLEKUL

Sifat-sifat molekul, seperti energi, struktur, momen dipol, keterpolaran, atauhyperpolarizability merupakan beberapa besaran yang dapat dihitung lewat perhitungan. Dalam komputasi molekul, terdapat beberapa teknik untuk menghitung sifat-sifat molekul, yaitu mekanika molekul, teori fungsi kerapatan atau teori struktur elektron.

 Sumber : http://id.wikipedia.org/wiki/Kimia_komputasi