JMol

Jmol adalah sebuah web browser applet. 

Ini adalah gambar diam, tetapi Anda bisa mendapatkan tampilan animasi Jmol dengan mengklik  here.

(Applet mungkin memerlukan beberapa detik untuk memuat. Silahkan, Tunggu dan jangan kembali halaman tersebut untuk sementara.)

Jmol adalah open source penampil Java untuk tiga-dimensi struktur kimia, dengan fitur untuk bahan kimia, kristal, bahan dan biomolekul. Fitur termasuk membaca berbagai jenis file dan output dari program kimia kuantum, dan animasi multi-frame file dan modus normal dihitung dari program kuantum.

 

Overview

Jmol ini aplikasi gratis, open source penampilan molekul untuk siswa, pendidik, dan peneliti dalam bidang kimia dan biokimia. Ini adalah cross-platform, yang berjalan pada sistem Windows, Mac OS X, dan Linux / Unix.

• JmolApplet adalah web browser applet yang dapat diintegrasikan ke dalam halaman web.

• Aplikasi Jmol adalah aplikasi Java mandiri yang berjalan di desktop.

• JmolViewer adalah alat pengembangan kit yang dapat diintegrasikan ke dalam aplikasi Java lainnya.

How to cite Jmol

Cara yang disarankan untuk mengutip Jmol adalah:

Jmol: open-source Java penampil untuk struktur kimia dalam 3D. http://www.jmol.org/

Ingatlah untuk selalu menggunakan huruf besar 'J', huruf kecil 'mol' (explanation).

Jika Anda suka, daftar artikel yang menjelaskan Jmol dapat ditemukan di bagian Jmol Literature dari Wiki Jmol.

What Jmol can do

Samples

Lihat Screenshot Gallery (gambar diam) untuk melihat contoh apa yang dapat dilakukan dengan Jmol

dan Demonstration pages untuk melihat tombol dan menu dalam tindakan (applet interaktif).

Features

• Gratis, open source software berlisensi di bawah Lisensi GNU Lesser General Public License.

• Applet, Aplikasi, dan Sistem Integrasi Komponen.

• JmolApplet adalah web browser applet yang dapat diintegrasikan ke dalam halaman web. Ini sangat ideal untuk pengembangan berbasis web Courseware dan web diakses dengan database kimia. JmolApplet menyediakan jalur upgrade untuk pengguna Chime plug-in.

• Aplikasi Jmol adalah aplikasi Java mandiri yang berjalan di desktop.

• JmolViewer ini dapat diintegrasikan sebagai komponen ke dalam aplikasi Java lainnya. 

•  Multi-bahasa 
• Diterjemahkan ke dalam beberapa bahasa: Catalan (ca), Chinese (both zh_CN and zh_TW) Czech (cs), Dutch (nl), Finnish (fi) French (fr), German (de), Hungarian (hu), Indonesian (id), Italian (it), Korean (ko), Malay (ms), Portuguese - Brazil (pt_BR), Spanish (es), Turkish (tr), Ukrainian (uk) (in addition to the native American English, en-US, and British English, en-GB).
• Otomatis mengadopsi bahasa dari sistem operasi pengguna, jika di antara terjemahan yang tersedia. Anda dapat mengubah ke bahasa lain jika diinginkan.
• Untuk up-to-date rincian atau petunjuk untuk menambahkan bahasa Anda, lihat the Wiki 

• Cross-platform

• Windows
• Mac OS X 
• Linux / Unix

• Mendukung semua web browser utama: Internet Explorer, Mozilla dan Firefox, Safari, Google Chrome, Opera, Konqueror, IceWeasel, ...

• Kinerja tinggi render 3D yang tidak memerlukan persyaratan hardware

• Format file (lihat juga bagian file formats dalam Jmol Wiki):

MOL	MDL / Elsevier / Symyx structure (classic version V2000)
V3000	MDL / Elsevier / Symyx structure (new version V3000)
SDF	MDL / Elsevier / Symyx structure (multiple models)
CTFile	MDL / Elsevier / Symyx chemical table (generic)
CIF	Crystallographic Information File - standard from the International Union of Crystallography
mmCIF	Macromolecular Crystallographic Information File - standard from the International Union of Crystallography
CML	Chemical Markup Language
PDB	Protein Data Bank - Research Collaboratory for Structural Bioinformatics
XYZ	XYZ format, XMol file - Minnesota Supercomputer Institute
XYZ+vib	XYZ format with added vibrational vector information
XYZ-FAH	XYZ format for Folding@home
MOL2	Sybyl, Tripos
Alchemy	Tripos
CSF	Fujitsu CAChe chemical structure, now Fujitsu Sygress
GAMESS	General Atomic and Molecular Electronic Structure System output (both US and UK variants) - Gordon Research Group, Iowa State University
Gaussian	Gaussian 94/98/03 output - Gaussian, Inc.
Cube	Gaussian, Inc.
Ghemical	The Ghemical computational chemistry package
MM1GP	Ghemical molecular mechanics file
HIN	HIN / HIV files from HyperChem - Hypercube, Inc.
Jaguar	Schrodinger, LLC
MOLPRO	Molpro output
MOPAC	MOPAC 93/97/2002 output (public domain)
MGF	MOPAC 2007 (v.7.101) graphf output (public domain)
NWCHEM	NWChem output - Pacific Northwest National Laboratory
odydata	Odyssey data - WaveFunction, Inc.
xodydata	Odyssey XML data - WaveFunction, Inc.
QOUT	Q-Chem, Inc.
SHELX	Structural Chemistry Department, University of Göttingen (Germany)
SMOL	Spartan data - Wavefunction, Inc.
spinput	Spartan data - Wavefunction, Inc.
GRO	Gromos87 format from GROMACS
PQR	Modified pdb format including charge and radius
Amber	The Amber package of molecular simulation programs
JME	Java Molecular Editor - Peter Ertl
CASTEP	The CASTEP software package, uses density functional theory
FHI-aims	Full-potential / all-electron electronic structure theory with local orbitals - Fritz-Haber-Institut der Max-Planck-Gesellschaft
VASP	VASP / VAMP / Vienna ab-initio simulation package
DGrid	Miroslav Kohout, Max-Planck Institute
ADF	ADF output - Amsterdam Density Functional
XSD	Accelrys Materials Studio
AGL	ArgusLab
DFT	Wien2k
AMPAC	AMPAC output - Semichem, Inc.
WebMO	WebMO interface to computational chemistry packages
Molden	Electron density / molecular orbitals
PSI3	Output files from the PSI3 suite of quantum chemical programs
CRYSTAL	Output files from CRYSTAL, a computational tool for solid state chemistry and physics. Theoretical Chemistry Group, Univ. Torino, Italy.

* Files which are compressed with gzip will automatically be decompressed

• getaran
• animasi
• permukaan
• orbital
• Dukungan untuk sel satuan dan operasi simetri
• Skema bentuk untuk struktur sekunder pada biomolekul
• pengukuran
• jarak
• sudut
• torsi sudut
• Dukungan untuk RasMol / berpadu bahasa scripting
• JavaScript dukungan perpustakaan (Jmol.js)
• Ekspor ke jpg, png, gif, ppm, pdf, POV-Ray, Gaussian, Maya,VRML, X3D, idtf, halaman web.

sumber: http://jmol.sourceforge.net/